Использование иммуносупрессивных препаратов имеет много побочных эффектов. Наиболее серьезным из них является лейкопения связанная с понижением иммунитета, а также неблагоприятное влияние на печень и слизистую оболочку полости рта. Опубликованы также исследования о повышенном риске пневмонии.
Из-за этого курить во время приема иммуносупрессивных препаратов не рекомендуется.