Кроме изменения образа жизни, чаще всего лечение начинается с препаратов, сильно снижающих секрецию желудочного сока (так называемые ингибиторы протонной помпы), применяемых один раз в сутки, натощак, в стандартных дозах (20 мг омепразол, 30 мг ланзопразол, 40 мг пантопразол или 40 мг эзомепразол), 2-4 недели. В случае неудачи лечения можно удвоить дозу препарата (по 1 таблетке 2 раза в сутки) и/или добавить стандартную дозу препаратов из группы блокаторов гистаминовых рецепторов H2 (например, ранитидин), перед сном.
В лечении рефлюкса с мягким ходом эффективны также блокираторы гистаминовых рецепторов H2 в разделенных дозах (ранитидин 2 х 150 мг, циметидин 4 x 400 мг). В ситуации, когда фармакологическое лечение не приносит улучшения, несмотря на максимальные дозы препаратов, рассматривает применение оперативного лечения.